小额贷款公司扩张发展后的风险管理尤为重要，小额贷款公司未获得央行征信数据库的支持。内部控制风险也是小额贷款公司面临的实际问题之一，多种原因导致其难以吸引人才，在业务审核、流程控制等操作上缺乏竞争力，加大了操作风险和控制风险。“小额、分散”的贷款原则和规章制度的不成熟、不完善也加重了小额贷款公司的内部控制风险，小额贷款公司面临着如何控制和降低风险的问题。
六种风险控制措施，一是注重贷前对贷款者个人的信誉、经营能力和业务状况等信息的搜集;二是大额贷款实行集体决策制;三是灵活运用各种贷款形式。如以农户经营权、股权、农村土地使用权的抵押贷款，微小企业流动资产抵押贷款，公司+农户、农户+基地的生产性担保贷款，有固定收入的职工工资性担保贷款，以及贵金属、有价票证为质押的贷款和小组担保、家族式担保贷款等。四是实行月结息和贷后回访制度;五是杜绝信贷人员私下舞弊;六是严格执行操作流程，杜绝运行中的差错。