按气流的流动状态分
根据气流的流动状态分，主要有以下三种气流分布的洁净室 [1]：
（1） 非单向流洁净室：以前常称为乱流型洁净室，室内的气流并不都按单一方向流动。非单向流洁净室有几个共同的特点：终端过滤器（或亚）尽量接近洁净室，它可以就是送风口或直接连送风口，也可以接到房间的送风静压箱上；回风口均设在洁净室的下部，目的是避免出现“扬灰”现象。非单向流洁净室中都有涡流存在，不适宜用于高洁净度的洁净室中，宜用于6~9级的洁净室中。
（2） 单向流洁净室：单向流洁净室气流的特征是流线平行，以单一方向流动，并且在断截面上风速一致，有垂直单向洁净室，准垂直单向流，水平单向流洁净室等。
（3） 矢量洁净室：在房间的侧上角送风，采用扇形过滤器，也可以用普通过滤器配扇形送风口，在另一侧的下部设回风口，房间的高长比一般在0.5~1之间为宜。这种洁净室也可以达到5级（100级）洁净度。
洁净室的流型基本上是上述三种类型，但是实际应用时可演变出很多形式。洁净室可以是单向流和非单向流组合在一起的混合流型，以在局部区域（单向流部分）实现高级别的洁净室。例如，在洁净室中设水平单向流的“隧道”（一侧敞开），洁净室的其余部分是涡流的单向流流型，从而实现“隧道”部分达到5级以上洁净度，工作台就设在“隧道内”。
按受控粒子的性质划分
（1）工业洁净室：受控粒子为尘埃等非生物粒子的洁净室。
（2）生物洁净室：受控粒子为生物粒子的洁净室。