台湾有二间店铺宣称是珍珠奶茶发明者。一说台中市经营泡沫红茶店“春水堂”的刘汉介先生，自称于1983年开始实验制作奶茶，又说是店内女职员无意中调制成功。当时所加材料为水果、糖浆、糖渍地瓜、和粉圆。他推出的奶茶刚开始的时候并不受到欢迎，但是偶然机缘下，经一家日本电视节目的访问后，终于吸引了生意人的注意。
另一说则是台南市翰林茶馆涂宗和先生所发明，据称约1987年在鸭母寮市场见得白色粉圆而得到灵感。故早期珍珠为白色，而后才改为黑色今貌。但这两间店皆未申请专利权或商标权，使得珍珠奶茶成为台湾代表性的人民饮料。
1990年代前半，首先是列入“小歇”等连锁泡沫红茶店的菜单，由于泡沫红茶店是咖啡店在台湾流行之前，上班族谈生意与学生聚会的热门场所，珍珠奶茶开始广受学生喜好。接着，在学校附近或补习班密集的地区、夜市等，逐渐出现珍珠奶茶的摊贩。1990年代后期，有业者引进“自动封口机”取代传统杯盖。许多新的投资业者，如航帆食品、乐立杯、绿的梦奶茶、休闲小站、大联盟、快可立等，采用自动封口机开始拓展连锁外带饮料店业务。自此，外带式的珍珠奶茶店成为主流，也因为连锁店的参加，商人开始将珍珠奶茶拓展到全世界，成为台湾国际知晓的知名食物之一。为了争谁才是发明珍珠奶茶，“春水堂”和“翰林茶馆”曾互相告到台湾法院。
提起珍珠奶茶，台中市是发源地，台中市民早享受它迷人的滋味。1987年，台中市政府附近的茶馆首先推出珍珠奶茶，因口感Q软、搭配浓淡合宜的奶茶，滋味超优，原创者就是春水堂现任产品研发部经理林秀慧。林秀慧回忆着说，父母亲曾在菜市场摆摊做生意，她国小起假日必到菜市场帮忙，当时市场里让她印象深刻的，就是一位“粉圆伯”，每天期待的事，就是和哥哥分享一碗热热、粘稠且口感滑Q的粉圆；从此嘴馋时， 她就会动手煮一锅粉圆解馋。
1984年，林秀慧进入当时四维街、春水堂的前身的“阳羡茶行”从事吧台工作， 她学会调茶做饮料，尤其钟情奶茶，随后升任采购，到传统场采买时，看到“粉圆”总顺手买一包回店里，接着她尝试让粉圆与奶茶结合，一杯杯动人口感的珍珠奶茶就这样诞生。初期，珍珠奶茶有如林秀慧的“私房茶”，只分享老板与同事，因大受好评，1987年林秀慧升任四维店的店长时，想卖这款私房茶，同事们于是一起动脑筋为茶饮命名，有人忽发奇想“奶茶里的粉圆一颗颗像珍珠般”，于是“珍珠奶茶”这个美丽名号就这样叫开了。很快地，这款茶饮红遍台中市各泡沫红茶店，1个月后、整条四维街、市府路近大小红茶店，全部卖起珍珠奶茶。有一度珍珠奶茶成台中饮品的特色饮品，外地民众到台中，必定来上一杯；3个月后更惊人，几乎全台都看得到珍珠奶茶身影，因台湾茶店拓展海外连锁，带着这款茶饮远征中国大陆、东南亚；欧洲与美洲都喝得到它，日本餐饮业者为了学“正统”的珍珠奶茶，还专程到台中市茶店取经，希望调制出台湾味的茶饮。直到今天，虽然茶饮不断翻新，珍珠奶茶依然稳居各泡沫红茶店、茶摊与连锁店点单率前3名。