无菌净化是根据GMP在药品生产中的经验，为了确保食品的质量，对生产食品的环境中的空气尘埃粒子和进行过滤清除而达到净化的目的。
1、食品无菌室严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌室应先关掉紫外灯。
2、食品净化车间应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-60%。超净台洁净度应达到100级。
3、洁净车间无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。严防一切器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4、洁净车间无菌室应定期用适宜的液清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。
5、需要带入洁净车间无菌室使用的仪器、器械、平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法。
6、工作人员进入洁净车间无菌室前，必须用肥皂或液洗手，然后在缓冲间更换专用工作服、鞋、帽子、口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入洁净车间无菌室进行操作。
7、洁净车间无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照20分钟。
8、供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用70%的酒精棉球外表面。
9、凡带有活菌的物品，必须经后，才能在水龙头下冲洗，严禁污染下水道。