农村自建房存量巨大，隐患多且增量呈上升趋势，绝大部分为自筹、自建、自住、自管，延续经验建造的方式。但在城镇化高速发展的背景下，部分农村自建房从满足农户个人居住需求为主向各种经营类功能转换。
房屋的建造层数、面积显著增大，从单一经营到多种业态并存，从小规模到成体量，但设计、施工、运维管理等各环节的把控并未随之加强，农户对于房屋的认识远远落后于现在的发展，个体自建房屋，尤其是经营类自建房的公共问题日益严峻。农村自建房已成为我国城乡统筹发展过程中的薄弱环节。
有哪些隐患？
一是普遍缺乏正规设计。农村自建房很多不具备真正意义上的专业设计，主要由农户根据宅基地情况、家庭人口和居住使用需求与承揽建造的包工队、工匠进行沟通，建造方依据现有的经验，或参照其他农户户型进行建设。对房屋质量的关键环节缺乏重视，结构体系不规范、建造方式不合理等现象时有发生。
二是施工人员专业水平参差不齐。农村自建房的施工队伍多为村镇建筑工匠，以大工带小工方式实施农房建设，更多地依赖于经验和传统的习惯做法。虽然有些建筑工匠具备一定的正规施工企业工作经历，但往往知其然而不知其所以然，对于质量的把控不到位，野蛮施工、随意建造的行为时有发生。
三是建材质量参差不齐。农村自建房使用的材料以自购为主，建材的采购、进场、使用均为个人行为，对于价格的敏感度高，质量往往服从于价格。在建造过程中，对于材料的强度和质量的重要性认识不足，房屋主要承重构件的承载能力和材料的耐久性难以保证。
四是使用过程中违规改造。在城乡结合部这个问题尤为严重，为了追求更大的利益，建造违反规划管控要求的超层超高房屋，不进行正规设计和施工，或在使用过程中擅自改变用途，为了追求更大的营业面积，随意加建，加层、扩建、拆改主体结构等，埋下严重的隐患。