中国微生物菌种查询网对于每个阳性样品，保存检出的食源性致病菌分离株，以便用于进一步的研究；分离菌株的编号应具有唯一性，标识清楚；标签应防水、字迹耐冻；各省级实验室应建立食源性致病菌菌种库，妥善保存食源性致病菌分离株。
推荐常见的食源性致病菌菌株保藏方法有以下2种：
1.甘油冷冻保藏法
（1）保藏时间
本方法适合于菌种的长期保藏，保藏时间可达10年以上。
（2）方法
在充分加热混匀的BHI（副溶血性弧菌、创伤弧菌保存时BHI中NaCl应加至3%）中加入甘油，使甘油达总体积的40%～50%，充分混合，分装至菌种保存管（2mL左右），121℃高压20min，备用；使用无菌棉签从非选择性平板上取新鲜纯培养菌落，加入装有BHI和甘油的无菌冻存管中，混匀后，-80℃保存（如果无-80℃冰箱，可选择-40℃保存，但保存效果较差）。
（3）注意事项
每株菌至少保存2管，分别放置在2个不同冻存盒中，一盒日常使用，另外一盒长期保存；使用时，取出相应的冻存盒，快速接种，以避免反复冻融；使用时，无菌操作，避免污染。
2.半固体保藏法
（4）保藏时间
本方法适合于短期菌种保藏，保藏时间一般为3～6个月。
（5）方法
无菌操作，挑取待保藏的菌种，穿刺接种约含5mL无菌半固体营养琼脂或半固体脑心浸液琼脂（副溶血性弧菌、创伤弧菌保存时BHI中NaCl应加3%）的小试管（约15mm×100mm）中。无菌操作吸取灭菌液体石蜡，加入已培养好的菌种上面，液体石蜡用量以高出半固体1cm 为准，使菌种与空气隔绝。将试管直立，置4℃或室温（副溶血性弧菌、创伤弧菌）下保存。
（6） 注意事项
副溶血性弧菌和创伤弧菌应放置室温保存。