乙级环境工程设计资质管理涵盖资质标准、申请审批、执业范围、证书管理等多方面内容，具体如下：
资质标准1：
企业资历：具有独立企业法人资格，社会信誉良好，注册资本不少于 100 万元人民币。
技术人员：专业配备符合 “主要专业技术人员配备表” 规定。企业主要技术负责人应具有大学本科以上学历，5 年以上从事环境工程设计经历，且主持过中型环境工程设计项目不少于 2 项，具备注册执业资格（限一级）或高级专业技术职称。非注册人员应当作为专业技术负责人主持过所申请专项类别中型环境工程设计项目不少于 1 项，具备中级以上专业技术职称。
技术装备及管理：有固定的工作场所，并具有必备的工程计算机辅助设计系统。企业管理组织机构、档案管理体系健全，建立了质量保证体系，并有效运行。
申请与审批3：
申请：申请单位为各部门直属单位的，应将填写的《环境工程设计证书申请表》报其所属行业主管部门签署意见，然后报国家环境保护局审核；其他申请单位应将申请表报所在省、自治区、直辖市人民政府行业主管部门和环境保护行政主管部门签署意见，然后报国家环境保护局审核。
审批：国家环境保护局经过审查，对符合条件的，核发乙级《设计证书》；对不符合条件的，驳回申请，并告知理由。
执业范围4：可承担中型以下规模环境工程专项设计，具体包括：
水污染防治工程：如废水量小于 5000 吨 / 日的工业废水治理工程等。
大气污染防治工程：单台装机容量小于 65 蒸吨 / 小时的工业蒸汽锅炉烟气治理工程等。
固体废物处理处置工程：投资额小于 2000 万元的一般工业固体废物处理与利用工程等。
物理污染防治工程：投资额小于 150 万元的噪声与振动治理工程等。
污染修复工程：投资额小于 3000 万元的污染水体、土壤、矿山修复等工程。
证书管理：
有效期管理4：资质证书有效期通常为 5 年或 10 年，企业应于资质证书有效期届满 3 个月前，按原资质申报途径申请资质证书有效期延续。若企业净资产和主要人员满足现有资质标准要求，经资质许可机关核准，可更换有效期 5 年的资质证书。
变更管理3：持证单位在机构、人员、资产、技术等资质条件发生较大变化时，应及时向发证机关申报并办理相应变更手续。
监督检查3：国家环境保护局每三年组织一次检查，并可进行不定期的抽查，检查内容包括企业承担项目的情况、遵守相关法规的情况等。
违规处理3：若持证单位存在超出证书规定范围承接任务、资质条件变化未及时申报等违规行为，由环境保护行政主管部门视情节轻重，给予通报批评、责令中止使用《设计证书》、降低资质级别或者吊销《设计证书》等处罚。