与保证的区别：保证通常是一种人的担保，主要依赖保证人的信用和偿债能力；而保函除了人的担保外，还往往与银行等金融机构的信用和资金实力相关，具有更强的可靠性和独立性。在法律关系上，保证一般是从属于主债权债务关系的从合同，而保函在一定程度上具有独立性，即使基础交易出现问题，只要保函的索赔条件成就，受益人通常仍有权向担保人索赔。

预付款金额调整：当预付款金额发生变化，可能影响保函风险和期限合理性，双方可协商调整期限。比如预付款金额增加，受益人可能要求延长保函期限以保障资金。

协商的一般流程

提出协商：由申请人或受益人根据实际情况，向对方提出关于预付款保函期限协商的请求，并说明理由。

双方沟通：申请人与受益人就保函期限调整的具体事宜进行沟通和协商，各自阐述利益诉求和考虑因素，寻求双方都能接受的解决方案。

达成一致：经过协商，双方就保函期限达成一致意见后，形成书面的协议或补充协议。

通知担保人：双方将协商一致的结果通知开立保函的银行或担保机构，由其审核并办理相关的保函期限调整手续。

从风险保障角度看

预付款保函的核心作用是保障预付款的，确保在申请人未能按照合同约定使用预付款或履行相应义务时，受益人能够得到补偿。即使预付款已经使用完毕，但在项目执行过程中可能还存在其他与预付款相关的潜在风险，如因申请人原因导致项目中途停滞、质量不达标等情况，可能需要用预付款进行弥补或扣除相应款项，所以保函期限超过预付款使用期限能为受益人提供更的风险保障。