一、项目前期，打好基础
项目前期，是指MES软硬件安装之前的阶段。这个阶段非常重要，关系到项目的成败，但往往为实际操作所忽视。这个阶段的工作主要包括前面提到的MES培训、车间现场问题诊断、需求分析以及软件选型等方面的工作。
车间现场问题诊断，是指由企业的高层领导、车间（分厂）领导和项目组人员用MES的思想对车间（分厂）现行业务流程和存在问题进行评议和诊断，寻求解决方案，用书面形式明确预期目标，并确定评价实现目标的标准。
需求分析方面，企业需要理智地进行分析以下问题：
◆企业当前迫切需要解决的问题是什么，MES系统是否能够解决？
◆MES系统的投资回报率如何？
◆在财力上，企业能不能支持MES的实施？
◆上MES的目的所在，系统到底能够解决哪些问题、达到哪些目标？
◆基础管理工作有没有理顺或准备在上MES之前让咨询公司帮助理顺？人员的素质够不够高？
认真考虑以上问题之后，企业应该将分析结果写成需求分析和投资效益分析正式书面报告，从而做出是否上MES项目的正确决策。
二、实施准备，“软”“硬”兼施
在运行MES系统之前，要准备并录入一系列基础数据，部分基础数据是在运用系统之前往往没有或未明确规定的，故需要做大量分析研究的工作。基础数据通常包括产品结构、物料（包括物料编码规则、零件、毛坯、在制品、刀具、工装、工具、量检具等）、工艺路线、加工工时、物料库存、设备与人员资源、各种例外代码与原因代码等信息。
在MES系统安装和实施之前，必须把网络系统建设好。MES所需的网络，除了一般的局域网外，还涉及车间现场数据采集与控制网络。车间现场网络可采用多种形式，如工业以太网、现场总线、RS-485网络或RS-232网络等。具体的网络形式，应根据数据采集系统的要求来确定。
在人员、基础数据和网络基本准备好的情况下，可以将系统安装到车间（分厂）和相关的业务部门中，并进行一系列原型测试。原型测试用企业的典型数据对软件功能进行测试，也称计算机模拟。
由于MES系统是信息集成系统，所以在测试时，应当是全系统的测试，相关部门的人员都应该同时参与，这样才能理解各个数据、功能和流程之间相互的集成关系，找出不足的方面，提出解决问题的方案，以便接下来进行补充开发、二次开发或用户化。
由于行业与企业的特殊性以及MES系统的成熟性问题，在系统原型测试后常常会发现许多问题以及部分功能上的不足，需要对系统进行补充开发与二次开发。由于MES与ERP、数据采集系统、DCS系统等有数据集成要求，因此，为了简化数据准备时间，必要时应在系统二次开发的同时进行系统的集成开发。
三、运行阶段的管理
在用户基本掌握系统功能的基础上，企业可以将各种必要的数据录入或导入系统。带着车间（分厂）日常工作中经常遇到的问题，组织项目小组进行实战性模拟。此时，要对测试和模拟中发现的不合适系统界面与报表进行用户化。
在模拟运行和制定工作规程的基础上，可以对系统进行试运行。试运行时既要按原来的手工管理模式进行操作，同时又要按MES的管理模式进行操作。此时，相关业务人员的工作量就会增加，特别是那些需要进行大量人工数据录入的工作岗位，工作量会大大增加。对此，企业领导需要采取相应的对策。
切换运行是指把原来并行运行的业务切换到只有MES单系统运行。系统切换要根据企业的条件来决定应采取的步骤，可以各模块平行一次性实施，也可以先切换一两个模块。在这个阶段，所有终用户必须在自己的工作岗位上使用终端或客户机操作，处于真正应用状态。原则上，系统并行运行的时间不宜过长，在条件合适的情况下尽早切换。
一个新系统被应用到企业后，实施的工作其实并没有完全结束，而是将转入到业绩评价和下一步的后期支持阶段。这是因为我们有必要对系统实施的结果做一个小结和自我评价，以判断是否达到了初的目标，从而在此基础上制定下一步的工作方向。
由于市场竞争形势的发展，将会不断有新的需求提出，再加之系统的更新换代，数据量的快速增加，IT技术的进步都会对原有系统构成新的挑战。所以，无论如何，都必须在巩固的基础上，通过自我业绩评价，制定下一目标，再进行改进，不断地巩固和提高。