无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。在微生物工作中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在许多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种工作干扰很大。
无菌工作区有用无菌操作台，没有的话也可以用洁净工作台代替。需要放置在离门远的地方。
无菌实验室设计的地面应使用、不渗水、不吸水、防滑、无裂隙且易于清洗的建筑材料铺砌(如耐酸砖、水磨石、混凝土等)，地面应有适当坡度(以1.0~1.5%为宜)。
实验室布局按照要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散;实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净实验室-生物实验室始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁，同时避免外部对实验室环境的破坏。
空气调节系统必须可靠运行，采用先进技术，合理利用和节约能源与资源，保证环境的质量和，为实验人员提供所需要的温度和湿度，保障生物实验在的条件下进行，以确保实验结果得准确性。同时它还必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。