菌种，意为孢子，通俗来讲相当于植物的种子。菌种一般分为保藏用菌种、试验用菌种和生产用菌种。具有一定繁衍能力，是遗传特性相对稳定的孢子、组织或菌丝体及其营养性或非营养性的载体。
生物菌种处理污水就是指污水处理中常用的生化法：其主要利用生化池中的菌种将污水中的有机物通过生物降解消化.菌种消耗污水中的有机物后生产的排泄物即为生化污泥. 生化污泥主要是通过在二沉池添加混凝剂，絮凝剂等化学药剂，使其与污水分离.
生化法处理污水主要分为厌氧处理(通常在厌氧池进行)和好氧处理(通常在好氧池进行). 厌氧处理的目的是将污水中大分子有机物进行降解消化. 好氧处理是对污水中小分子量有机物进行进一步处理。
污水处理菌种具有繁殖速度快、生命力强、自然进化等特点，其通过通过消耗水中的有机物进行繁殖，从而对污水中的有机物有良好的去除效果，进而改善水体环境。
常见的污水处理菌种主要有硝化，反硝化，复合。氨氮与氧气在硝化菌（亚硝化菌）的作用下发生硝化反应，转化为硝态氮（亚硝态氮），此过程发生在好氧环境下，反应过程中消耗碱度及少量碳源。硝酸根和碳源在反硝化菌的作用下将硝态氮转化为氮气，此过程放生在缺氧环境下，反应过程产生碱度及大量碳源。复合菌种为兼顾硝化反硝化双重作用的菌种，复合菌种可以根据水质自行繁殖，达成菌种平衡，从而使污水处理更加便捷。
北京开碧源公司专业从事菌种的研发和生产二十年。主要产品包含除COD指标菌种，降氨氮指标菌种，降总氮指标菌种，硝化菌种，复合菌种，反硝化菌种等，公司采用国外进口优质菌株，并长期与北京周边高校实验室紧密合作，培育出的菌种系列产品经专家评审:，性能达到了国内甚至国际先进水平。
开碧源公司菌种突出的优势在于环境适应性更强，在不同温度，酸碱度情况下均能产生明显效果。并且一旦当污水中出现新的污染物后，它们也能通过自发或诱导产生新的酶 ，使自身产生新的代谢功能，从而降解或转化新的污染物。