为了改善船员的工作条件，挖泥船上设有舱室通风管系。它能排除舱内浊气，补充新鲜空气，有的还能调节舱内温度和湿度。 常见的通风方法有自然通风、机械通风和空调系统等。
(1)自然通风 自然通风是利用空气流动时通风筒内外压力差而使挖泥船的舱室达到通风换气的目的。自然通风方法通风效果好，但空气潮湿时不宜采用。 通风筒上口设有通风帽，又称风斗。常用的有烟斗式、排风筒式、鹅颈式和蘑菇式。烟斗式通风帽多用于小型挖泥船和机舱通风。风斗套在管座上，上面设有把手可以转动风斗。排风筒多用于小型挖泥船靠近两舷的舱室。鹅颈通风帽用于水柜或油柜上，上口设有滤网。蘑菇式通风帽设在桅顶的用于料舱通风。用厨房和住舱通风的，应装有可调节螺杆，在室内旋转调节手轮即可调节开口的大小。
(2)机械通风 机械通风是用通风机把新鲜空气鼓入挖泥船的舱内或把舱内空气抽出，以达到通风换气的目的。有的挖泥船在通风机上加设除湿机或除湿剂，使进入料仓的空气得以干燥。
(3)空调系统 空调系统通过对外界空气进行过滤、加热(或冷却)和加湿(或去湿)，并把处理后的空气送至各料室来调节室内温度和湿度，起到制造人工小气候的作用，以改善船员的工作条件。