铁路系统拥有大量土地，除了线路、站点使用外，还包括生产和管理用地、员工生活居住用地、后勤保障用地等。这部分存量土地今后可在符合规划的前提下改为商业、住宅等经营性用途使用。协议出让最关键的是原土地权属人可以继续使用这块地，而且补缴的地价只要不低于价标准就是合法的。对于土地所在地的地方政府来说，这是对土地增值收益的极大让渡。
支持综合开发、用地指标单列、提出分层出让
《意见》为了推进铁路土地开发，还有其他多项支持政策。
提出“综合开发”与“成片开发”。存量建设用地成片开发可以将畸零、不规则土地统一开发，提高土地利用效率，美化城市环境，德国、日本及我国台湾地区在城市重划中都采取畸零地统一开发的办法。《通知》也提出，允许市场主体收购相邻多宗地块，申请集中开发利用；市、县人民政府国土资源部门可根据申请，将分散的土地合并登记。
《意见》提出铁路运输企业利用自有土地、平等协商收购相邻土地、依法取得政府供应土地或与其他市场主体合作，对既有铁路站场地区进行综合开发；市、县国土资源部门要依法为铁路运输企业利用自有土地进行土地产权整合和宗地合并、分拆等提供服务；政府供应既有铁路站场综合开发范围内的用地，应将综合开发的规划要求和铁路建设要求一并纳入土地供应的前提条件。