甲醛的主要危害表现为对皮肤粘膜的刺激作用。甲醛在室内达到一定浓度时，人就有不适感。大于0.08 mg/m³的甲醛浓度可引起眼红、眼痒、咽喉不适或疼痛、声音嘶哑、喷嚏、胸闷、气喘、皮炎等。新装修的房间甲醛含量较高，是众多疾病的主要诱因。
急性毒性：
LD₅₀：800mg/kg（大鼠经口），2700mg/kg（兔经皮）；LC₅₀：590mg/m³（大鼠吸入）。
人吸入60～120mg/m³，发生支气管炎、肺部严重损害。
人吸入12～24mg/m³，鼻、咽黏膜严重灼伤、流泪、咳嗽；人经口10～20mL，致死。
甲醛浓度过高会引起急性中毒，表现为咽喉烧灼痛、呼吸困难、肺水肿、过敏性紫癜、过敏性皮炎、肝转氨酶升高、黄疸等。
致突变性：
微生物致突变：鼠伤寒沙门氏菌4mg/L。哺乳动物体细胞突变：人淋巴细胞130 μmol/L。姊妹染色体交换：人淋巴细胞37pph。
2010来发现，甲醛能引起哺乳动物细胞核的基因突变、染色体损伤、八断裂。甲醛与其他多环芳烃有联合作用，如与苯并芘的联合作用会使毒性增强。
危险特性：
其蒸气与空气形成爆炸性混合物，遇明火、高热能引起燃烧爆炸。若遇高热，容器内压增大，有开裂和爆炸的危险。
燃烧（分解）产物：一氧化碳、二氧化碳。
相对浓度危险度
当甲醛浓度在每立方米空气中达到0.06-0.07mg/m³时，儿童就会发生轻微气喘；
当室内空气中甲醛达到0.1mg/m³时，就有异味和不适感；
甲醛达到0.5mg/m³时，可刺激眼睛，引起流泪；
甲醛达到0.6mg/m³，可引起咽喉不适或疼痛。浓度更高时，可引起恶心呕吐，咳嗽胸闷，气喘甚至肺水肿；
甲醛达到30mg/m³时，会立即致人死亡。