根据《企业所得税暂行条例》及其实施细则，《中华人民共和国税收征收管理法》及《国家税务总局企业所得税汇算清缴管理办法》等法律的规定，企业所得税的汇算清缴应按以下程序进行：
（一）汇算清缴期限企业缴纳所得税，按年计算，分月或者分季预缴
纳税人应当在月份或者季度终了后十五日内，向其所在地主管税务机关报送会计报表、预缴所得税申报表和纳税人发生的应由税务机关审批或备案的有关税务事项；年度终了后四十五日内，向其所在地主管税务机关报送会计决算报表和所得税申报表，在年度终了后五个月内结清应补缴的税款。预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关予以及时办理退税，或者抵缴下一年度应缴纳的税款。
应注意的是：
1、实行按月或按季预缴所得税的纳税人，其纳税年度最后一个预缴期的税款应于年度终了后15日内申报和预缴，不得推延至汇算清缴时一并缴纳。
2、若纳税人已按规定预缴税款，因特殊原因不能在规定期限办理年度企业所得税申报的，则应在申报期限内提出书面延期申请，经主管税务机关核准后，在核准的期限内办理。
3、若纳税人因不可抗力而不能按期办理纳税申报的，可以延期办理；但是，应当在不可抗力情形消除后立即向主管税务机关报告。主管税务机关经查明事实后，予以核准。
4、纳税人在纳税年度中间破产或终止生产经营活动的，应自停止生产经营活动之日起30日内向主管税务机关办理企业所得税申报，60日内办理企业所得税汇算清缴，并依法计算清算期间的企业所得税，结清应缴税款。
5、纳税人在纳税年度中间发生合并、分立的，依据税收法规的规定合并、分立后其纳税人地位发生变化的，应在办理变更税务登记之前办理企业所得税申报，及时进行汇算清缴，并结清税款；其纳税人的地位不变的，纳税年度可以连续计算。
（二）汇算清缴程序
1、填写纳税申报表并附送相关材料
纳税人于年度终了后四个月内以财务报表为基础，自行进行税收纳税调整并填写年度纳税申报表及其附表〔包括销售（营业）收入及其他收入明细表、成本费用明细表、投资所得（损失）明细表、纳税调整增加项目明细表、纳税调整减少项目明细表、税前弥补亏损明细表、免税所得及减免税明细表、捐赠支出明细表、技术开发费加计扣除明细表、境外所得税抵扣计算明细表广告费支出明细表、工资薪金和工会经费等三项经费明细表资产折旧、摊销明细表、坏账损失明细表、事业单位、社会团体、民办非企业单位收入项目明细表、事业单位、社会团体、民办非企业单位支出项目明细表〕，向主管税务机关办理年度纳税申报。纳税人除提供上述所得税申报及其附表外，并应当附送以下相关资料：
（1）财务、会计年度决算报表及其说明材料。包括资产负债表、损益表、现金流量表等有关财务资料；
（2）与纳税有关的合同、协议书及凭证；
（3）外出经营活动税收管理证明和异地完税凭证；
（4）境内或者境外公证机构出具的有关证明文件；
（5）纳税人发生的应由税务机关审批或备案事项的相关资料；
（6）主管税务机关要求报送的其他有关证件、资料。
2、税务机关受理申请，并审核所报送材料
（1）主管税务机关接到纳税人或扣缴义务人报送的纳税申报表或代扣代缴、代收代缴税款报告表后，经审核其名称、电话、地址、银行账号等基本资料后，若发现应由主管税务机关管理的内容有变化的，将要求纳税人提供变更依据；如变更内容属其他部门管理范围的，则将敦促纳税人到相关部门办理变更手续，并将变更依据复印件移交主管税务机关。
（2）主管税务机关对申报内容进行审核，主要审核税目、税率和计税依据填写是否完整、正确，税额计算是否准确，附送资料是否齐全、是否符合逻辑关系、是否进行纳税调整等。审核中如发现纳税人的申报有计算错误或有漏项，将及时通知纳税人进行调整、补充、修改或限期重新申报。纳税人应按税务机关的通知作出相应的修正。
（3）主管税务机关经审核确认无误后，确定企业当年度应纳所得税额及应当补缴的企业所得税款，或者对多缴的企业所得税款加以退还或抵顶下年度企业所得税。
3、主动纠正申报错误
纳税人于年度终了后四个月内办理了年度纳税申报后，如果发现申报出现了错误，根据《企业所得税汇算清缴管理办法》等法律的相关规定：纳税人办理年度所得税申报后，在汇缴期内税务机关检查之前自行检查发现申报不实的，可以填报《企业所得税年度纳税申报表》向税务机关主动申报纠正错误，税务机关据此调整其全年应纳所得税额及应补、应退税额。
4、结清税款
纳税人根据主管税务机关确定的全年应纳所得税额及应补、应退税额，年度终了后4个月内清缴税款。纳税人预缴的税款少于全年应缴税款的，在4月底以前将应补缴的税款缴入国库；预缴税款超过全年应缴税款的，办理抵顶或退税手续。
5、办理延期缴纳税款申请
根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其《实施细则》的相关规定，纳税人因有下列特殊困难：
（1）水、火、风、雷、海潮、地震等人力不可抗拒的自然灾害，或者可供纳税的现金、支票以及其他财产等遭遇偷盗、抢劫等意外事故，导致纳税人发生较大损失，正常生产经营活动受到较大影响的。纳税人应提供灾情报告或者公安机关出具的事故证明；
（2）因国家调整经济政策的直接影响，或者短期货款拖欠，当期货币资金在扣除应付职工工资、社会保险费后，不足以缴纳税款的。纳税人应提供有关政策调整的依据或提供货款拖欠情况证明和货款拖欠方不能按期付款的证明材料。
从而不能按期缴纳税款的，纳税人应当在缴纳税款期限届满前（一般各地主管税务机关均规定应当在期限届满前15日内提出，具体请参见各地税务局的规定）向主管税务机关提出申请，并报送下列材料：申请延期缴纳税款报告、当期货币资金余额情况及所有银行存款账户的对账单、资产负债表、应付职工工资和社会保险费等税务机关要求提供的支出预算等。经省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局，或者计划单列市国家税务局、地方税务局批准，可以延期缴纳税款，但最长不得超过三个月。
税务机关将在自收到申请延期缴纳税款报告之日起20日内作出批准或者不予批准的决定；若不被批准，从缴纳税款期限届满之日起纳税人将被加收滞纳金。